Almoloya proviene del náhualt, alt significa "agua", molloni , manar y yan, lugar , y se interpreta cómo "lugar donde emana el agua". Esta región en la época prehispánica fue habitada por matlatzincas y cohuixcas; posteriormente, por los nahuas y los purépechas, quienes rendían tributo a la Triple Alianza Tenochtitlán-Tacuba-Texcoco.
A la llegada de los españoles se propagó el temor y las enfermedades, ya que durante el Virreinato disminuyó la población. En este mismo período, Almoloya fue centro importante de comercio de los poblados mineros de Zacualpan y Sultepec.
En la guerra de Independencia, este municipio apoyó el movimiento. En 1817 Pedro Ascencio Alquisiras se mudó al municipio; después de su muerte el 13 de abril de 1869, por decreto de la Legislatura del Estado de México, recibió su actual nombre al honor al insurgente sur.
De comunicación social Secretaría de Cultura, D. G. (s.f.). Sala de prensa - Cultura en los estados - Secretaría de Cultura. https://www.cultura.gob.mx/estados/saladeprensa_detalle.php?id=73937#:~:text=Almoloya%20de%20Alquisiras%20se%20ubica,lugar%20donde%20mana%20el%20agua%22